Le Chakra est la source d'énergie qui permet aux Shinobis d'effectuer des techniques spéciales, nommées Jutsu. Généré dans le corps, il est le résultat de la combinaison de l'énergie physique et de l'énergie spirituelle du ninja. Le Chakra circule dans le corps dans un réseau de Chakra, comparable à des vaisseaux sanguins; mais ayant un débit limité par huit portes et passant par 361 Tenketsu, points permettant par une pression, soit d'augmenter, soit de diminuer (voire de stopper) les flux de chakra.
Afin d'effectuer ses Jutsus le Shinobi doit effectuer une série de signe, dépendant du Jutsu, afin de stimuler son Chakra. Si les signes sont effectués d'une mauvaise manière le Jutsu échoue, voir peut même se retourner contre son utilisateur. La maîtrise du Chakra est très difficile à acquérir. L'entraînement de base est de réussir à concentrer son Chakra en un point pour cela quelques procédés sont mis en place par les Shinobis, concentrer son Chakra dans son front pour y faire tenir une feuille, grimper à un arbre sans s'aider des mains, marcher sur l'eau...
L'art du Shinobi se décline en plusieurs domaines qui requiert tous une maîtrise du Chakra.
L'art principal des Shinobis, celui qui permet de faire appelle aux Jutsus élémentaires. Il permet de se défendre et d'attaquer, aussi bien à distance qu'à plus courtes portées.
Autrement dit, l'art des illusions. Il se partage en deux grandes parties, le Genjutsu de "bas niveau" qui permet d'utiliser des techniques pour tromper l'adversaire, tel que la substitution par exemple. Et le Genjutsu de haut niveau qui agit directement sur le cerveau de l'adversaire et peut causer de très lourdes blessures mentales.
Autrement dit, l'art du combat au corps à corps. Cet art est pratiqué par tous les Shinobis mais certains en ont fait une spécialités et ont développés de nombreuses techniques qui font appels au Chakra pour être utilisés.
Autrement dit, l'art d'utiliser les pupilles. Cet art est héréditaire et très rare, la famille Uchiwa ou encore la famille Hyuuga sont des maîtres de cet art.
Autrement dit, l'art d'attaquer les points vitaux. Art spécifique au Clan Hyuuga grâce au Byakugan. Cette maîtrise se manifeste par l'attaque des Tenketsu en y insufflant du Chakra pour les bloquer et ainsi empêcher l'adversaire de malaxer son Chakra.
Autrement dit, l'art de sceller. Cette maîtrise est très peu commune car très difficile à maîtriser, cet art se traduit par la pose d'un sceau sur une personne ou un objet afin d'en prendre le contrôle, d'y introduire un esprit par exemple....
Autrement dit, l'art d'invoquer. Encore une discipline très peu courante, cet art permet d'invoquer une créature qui pourra aider le Shinobi aussi bien au combats qu'à d'autres utilisations. Pour pouvoir utiliser cet art il faut avoir au préalable passer un pacte avec la dite créature ce qui permettra de l'invoquer par la suite.
Autrement dit, l'art de l'utilisation des techniques interdites. Art redouté et rare il permet d'utiliser des techniques qui ont étaient jugés trop puissantes et donc interdites. Ces techniques sont d'une puissance incroyable mais il faut souvent en payer le prix cher.
Les huit portes (ouvrables grâce à la forme verso du lotus de Konoha par exemple) contrôlant constamment le flux de Chakra qui circule dans le corps sont dans l'ordre suivant :
- 2. la porte de la guérison
- 4. la porte de la blessure
- 5. la porte de la rétention
- 6. la porte de la contemplation
Ouvrir ces portes permet d'augmenter jusqu'à dix fois la force de son utilisateur. Cependant, l'ouverture des portes entraînent des conséquences extrêmement nuisibles. À noter que l'ouverture de l'ensemble des portes permet au ninja d'acquérir temporairement une puissance colossale que l'on dit "supérieure à celle d'un Hokage"; toutefois, cette faculté ne s'obtient qu'au prix de sa propre vie.
Les Jutsus liés aux divers éléments de la nature que l'on appelle Ninjutsu ne peuvent être effectués qu'avec un type de Chakra précis. C'est le principe des affinités ninja : la plupart des ninjas sont prédisposés à contrôler un ou plusieurs éléments en fonction de leur type de chakra. À noter que les 5 grands pays ont tiré leurs noms de ces divers éléments.
Le chakra est affilié à 5 éléments :
- 1. Le feu, qui permet l'utilisation des techniques Katon
- 2. L'eau, qui permet l'utilisation des techniques Suiton
- 3. La terre, qui permet l'utilisation des techniques Doton
- 4. La foudre, qui permet l'utilisation des techniques Raiton
- 5. Le vent, qui permet l'utilisation des techniques Füton
En combinant deux affinités, il est possible de générer une nouvelle nature. Le fait de changer la nature en deux éléments distincts, et d'utiliser un nouvel élément en les contrôlant simultanément est ce qu'on appelle un Kekkei Genkai. De ce fait, plusieurs combinaisons sont possibles:
- 1. Suiton + Füton = Hyoton
- 2. Doton + Suiton = Mokuton
Pour connaître leur affinité naturelle, les ninjas concentrent leur Chakra dans un papier spécial qui réagit à la moindre émission de Chakra. Celui-ci provient d'arbres particuliers qui poussent grâce au Chakra qu'ils absorbent. La nature du Chakra se révèle par le résultat de la réaction:
- 1. Si le papier brûle, l'affinité du ninja est Katon
- 2. Si le papier s'humidifie, l'affinité du ninja est Suiton
- 3. Si le papier se désagrège, l'affinité du ninja est Doton
- 4. Si le papier se froisse, l'affinité du ninja est Raiton
- 5. Si le papier se coupe, l'affinité du ninja est Füton
Chaque ninja a une affinité avec un de ces éléments. Certains ninjas plus doués possèdent plusieurs affinités, c'est le cas des Juunins qui en possèdent habituellement deux. Le fait d'avoir une affinité avec un élément signifie qu'on peut l'utiliser plus aisément et puissamment. Une affinité particulière n'empêche pas l'utilisation des autres éléments; cependant, ils seront plus difficiles à maîtriser.
Le changement de nature en feu, en eau, en terre, en foudre et en vent génère un équilibre des forces sous forme d'une interaction entre ces 5 éléments. Le changement de nature des éléments est représenté ainsi:
- 1. L'élément Katon est supérieur au Füton mais il est inférieur au Suiton.
- 2. L'élément Füton est supérieur au Raiton mais il est inférieur au Katon.
- 3. L'élément Raiton est supérieur au Doton mais il est inférieur au Füton.
- 4. L'élément Doton est supérieur au Suiton mais il est inférieur au Raiton.
- 5. L'élément Suiton est supérieur au Katon mais il est inférieur au Doton.