Le chakra est l'énergie potentielle dont dispose le ninja pour réaliser ses jutsus. La quantité de chakra dépend de la valeur du ninja, sa force héréditaire et son entraînement.
Le chakra circule dans le corps et se libère lors de concentration et malaxation par le ninja via des points spécifiques appelés Tenketsu. Ces tenketsu sont au nombre de 361. Contrôler son chakra exige de savoir distinguer la concentration de l'énergie corporelle et de l'énergie spirituelle. Si la concentration ou la manipulation antérieure des signes, est incorrecte, le chakra émane moins ou de manière irrégulière et entraîne une mauvaise réalisation du jutsu.
La maîtrise du chakra requiert un entraînement spécifique basé sur la focalisation du chakra en un/des point(s) précis du corps.
Il existe toute sorte de façon d'entraîner cette focalisation du chakra:
Grimper aux arbresL'exercice de focalisation des pieds permet au ninja d'apprendre à placer son chakra dans une partie rarement utilisée à cet exercice. Le but étant de grimper à l'arbre sans l'aide des mains.
Marcher sur l'eauCette fois, l'exercice recommande focalisation d'une part, mais abstraction de la densité d'autre part, puisqu'il s'agit de focaliser son chakra de manière à exercer une force anti- gravitationnelle sur son propre corps.
Le chakra peut maintenant sortir de différentes formes:Le chakra bleuC'est le chakra basique des ninjas. Il n'est jamais en même quantité chez deux ninjas, et il est dosé proportionnellement à l'intensité du jutsu et la maîtrise du ninja.
Le chakra rougeC'est un chakra émanant d'un Youma, et d'une puissance des plus redoutables. On ne connaît pas encore le degré de puissance de ce chakra ni jusqu'où il peut aller.
Le chakra mauveC'est le chakra provenant d'un Goguoufuuin qui se libère par le sceau du ninja marqué. Le chakra agit néfastement sur son porteur, en le couvrant de marques noirs et le soumettant à une violence qui lui est impropre.
Le chakra vertC'est le résultat d'un chakra relâché à "vrai nature", c'est à dire par ouverture des portes. Le chakra à son état pur, donne une puissance surhumaine à son utilisateur mais peut s'avérer mortel car nécessite des ressources incommensurables.